Καθώς ολοκληρώνεται το μεγάλο επανεκθετικό πρόγραμμα του Ιστορικού Μουσείου Κρήτης, οι νέες εκθέσεις παραδίδονται σταδιακά. Η πρώτη απ’ αυτές είναι η νέα μόνιμη έκθεση για τη Μάχη της Κρήτης, την Κατοχή και την Αντίσταση. Η έκθεση είναι σχεδιασμένη ώστε να υποστηρίζει το δραματικό χαρακτήρα των γεγονότων που πραγματεύεται ενώ ταυτόχρονα, είναι φιλική προς τον επισκέπτη. Η νέα έκθεση αναπτύσσεται σε 4 συνολικά ενότητες, από τις οποίες η πρώτη λειτουργεί ως εισαγωγή, με αναφορά στην έναρξη του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου και στην ιταλική επίθεση εναντίον της Ελλάδας τον Οκτώβριο του 1940. Η ενότητα αυτή κλείνει με  την γερμανική εισβολή και την κατάληψη του ηπειρωτικού κορμού της χώρας.

Στην 2^η ενότητα η έκθεση εστιάζει στην Κρήτη. Οι προετοιμασίες των αντιπάλων, οι αεροπορικοί βομβαρδισμοί των αστικών κέντρων, η από αέρος εισβολή των επίλεκτων γερμανικών στρατευμάτων και οι πρώτες πράξεις αντεκδίκησης των εισβολέων εναντίον του πληθυσμού απαρτίζουν τις βασικές υποενότητες.

Η 3^η ενότητα καταγράφει την σκοτεινή περίοδο της Κατοχής ως και την απελευθέρωση. Ο επισκέπτης μπορεί, επιπλέον, να ακούσει τις αφηγήσεις προσώπων που συμμετείχαν στα δραματικά γεγονότα της περιόδου, όπως ο γνωστός στην Κρήτη Βρετανός αξιωματικός Patrick Leigh Fermor και ο Γάλλος σαμποτέρ Jack Sibard, ενώ ξεχωριστό ενδιαφέρον παρουσιάζει το ανέκδοτο φωτογραφικό υλικό που προέρχεται από προσωπικά αρχεία Γερμανών στρατιωτών που υπηρέτησαν στην Κρήτη.  

Τα ίχνη που η ανελέητη πολεμική σύγκρουση άφησε πίσω της στα χώματα της Κρήτης αποτυπώνει η τελευταία ενότητα. Τα δύο μεγάλα στρατιωτικά νεκροταφεία, αυτό των Συμμάχων στη Σούδα και το γερμανικό στο Μάλεμε, είναι τα κύρια σημεία αναφοράς, αφού αποτελούν χώρους ζωντανής μνήμης όπου κάθε χρόνο άνθρωποι από όλες τις εμπλεκόμενες χώρες τιμούν τους νεκρούς.

Το επανεκθετικό πρόγραμμα του Ιστορικού Μουσείου Κρήτης θα έχει ολοκληρωθεί μέχρι τον Ιούνιο, οπότε θα γίνουν και τα επίσημα εγκαίνια, με τα οποία το Μουσείο εισέρχεται σε μια νέα εποχή.